Экспериментальные исследования в популяционной генетике, основанные на электрофорезе, носят массовый характер и требуют большого объема работы для расшифровки полученных результатов, так же, как и для расшифровки голографических экспериментов по механике. Чтобы преодолеть эти трудности, мы предложили автоматизацию обработки электрофореграмм, на основе нашего опыта разработки аналогичных систем для анализа данных голографической интерферометрии.
Скриншот начального окна ввода данных
Необходимо вводить параметры геля в зависимости от температуры эксперимента, напряжения, линейных измерений электрограммы. После ввода электрофореграммы маркеров мы используем сетку для получения ее контраста.
Это дает нам возможность найти носители маркеров и приблизить функции членства для каждого маркера. Чтобы найти границы носителей, мы используем полуавтоматическую процедуру, когда исследователь должен выбрать границы носителя как локальный минимум контраста после одного локального максимума. Это также может быть сделано в полностью автоматическом режиме, но это более сложно и также требует коррекции исследователя. Следующий модуль системы осуществляет аппроксимацию параметров вдоль оси методом наименьших квадратов для третьего порядка многочленов.
Этот процесс завершает процедуру построения нечеткой шкалы.
После этого мы можем распознать неизвестный белок. Для этого мы вводим данные белка.
В результате реализации получаем нечеткое значение белка.
Затем мы используем условие, чтобы выполнить дефаззификацию массы белка и получить набор сегментов для каждого уровня.
Предложенный метод позволяет математически обосновать выводы экспериментальных исследований по популяционной генетике на основе большого объема экспериментальных данных.